虽然日本完全有经济实力购买外国粮食，但是由于粮食安全关系国家安危，所以日本一直不遗余力地提高粮食自给率、保护农业。日本的农业补贴可以说是城市化后工业对农业的反哺。日本各级政府提供了名目繁多的农业补贴。

在农林水产省网站的主页上，包括林野厅和水产厅在内，形形色色的补贴项目高达约470种：农田保护和灾害防治、土地改良、基础水利、森林病虫害防治等一应俱全，农林牧渔各方面所获得的补贴可谓“无微不至”。有的补贴对象涵盖整个农业，也有几种专门补贴针对特定的对象。这在全世界首屈一指，因而日本农业有时也被称为“被宠坏了的农业”，被“过度保护”。

细分的话，日本农业补贴分为软件补贴和硬件补贴。硬件补贴的对象包括机械、设施等，达到约400种，主要包括“建设强大农业补助金”和“农业、食品产业竞争力强化援助项目”等。

农林水产省的不同科室管辖各自的项目。由于所有补贴都依靠税收，与政府预算连动，在国家的预算中，如果出现了新的补贴项目，或者是修改现有补贴项目，负责的部门要在新财年的4月后迅速着手实施。

为了鼓励年轻人务农，农林水产省2012年度创设了青年务农补贴制度，通过补贴鼓励青年人从事农业。从2013年度开始，补贴对象扩大到渔业和林业的新劳力。没有务农知识的青年，可以到都道府县承认资格的农业学校以及先进农户和先进农业法人等处进行培训，最长可达2年，每年有150万日元的补贴，务农后则可以连续5年每年获得150万日元。

除了国家提供的补贴外，地方政府也提供各种补贴，如岛根县从2012年度决定给45岁至64岁的新务农者提供每年75万日元的补贴，补充了国家要求45岁以下才能获得补贴的制度，以促进更多劳动力投身农业。