我国是世界上最早使用第二代测序技术开展蔬菜基因组研究的国家，中国农科院、北京农林科学院、中科院遗传所和华中农大等优势团队合作，先后绘制完成了黄瓜、番茄、西瓜、大白菜、甘蓝等蔬菜作物的全基因组序列图谱和变异图谱，在国际上处于领跑地位。在利用组学大数据挖掘重要农艺性状基因方面，我国也与世界先进处于同一水平，克隆了控制果实品质与调控、株型建成、开花时间、抗病抗逆等重要性状的上百个重要基因。

　　中国农业科学院黄三文团队是国际蔬菜基因组研究领域的领先团队，组织了多个蔬菜基因组的国际合作计划，绘制了第一个黄瓜的基因组图谱，发现了黄瓜、番茄和甜瓜等作物驯化和种群分化的遗传基础，奠定了国际蔬菜基因组研究的基础，确立了我国在这一领域的国际领先地位。发现了决定番茄风味的33种重要代谢物和49个关键遗传位点，为培育美味番茄提供了解决方案。

　　中国农科院蔬菜所顾兴芳团队常年从事黄瓜育种工作，创制出聚合5~6个优质性状和抗5~10种病害的自交系12个;培育出新一代保护地、露地等不同生态型的突破性新品种8个。新品种在全国累计推广1187.9万亩，新增效益91.61亿元。

　　华中农大叶志彪团队在国际上首次研发出原创性的分子标记22个，首创番茄高通量分子标记基因分型系统，建立了高效的番茄种质资源综合评价技术体系，创制新种质达572份。利用高效的分子标记辅助育种技术和创制的优异育种材料，育成了聚合多种抗性、品质优良的番茄新品种10个。育成的“华番12”是国际上首个兼抗青枯病和黄化曲叶病毒病的大果番茄品种。新品种累计推广面积1230万亩，新增产值165.7亿元。