农民专业合作社与股份经济合作社有很多相同点，如均具有独立的市场主体地位和法人资格，都设有成员大会或者成员代表大会等。但也有很大不同，笔者认为主要有以下几点。

　　一是组织登记认定机构不同。农民专业合作社在市场监管部门登记，而股份经济合作社在农业农村部门登记。

　　二是性质功能不同。农民专业合作社是自愿联合、民主管理的互助性经济组织，其职能是以规模化方式进入市场，以服务成员为宗旨，谋求全体成员的共同利益。而股份经济合作社是以土地集体所有为基础，依法代表集体成员行使所有权，实行家庭承包经营为基础、统分结合双层经营体制的地区性经济组织;其职能是管理集体资产、开发集体资源、发展集体经济、服务集体成员。

　　三是成员身份界定不同。农民专业合作社的成员身份是以农民为主体，具有民事行为能力的公民，以及从事与农民专业合作社业务直接有关的生产经营活动企业、社会团体等，能够利用农民专业合作社提供的服务。同时，按照章程规定出资、承认章程并遵守章程，就可以成为该合作社成员，成员资格属于开放型;入社自愿、退社自由，一人可以加入一个或者多个合作社。股份经济合作社成员身份要求比较严格，必须具有本村、本组户口且对集体积累有贡献，按照农村集体产权制度改革“尊重历史、兼顾现实、程序规范、群众认可”政策规定的程序确认。在全国范围内一个人只能成为一个村股份经济合作社的成员，具有唯一性，不能“两头占或者多头占”，可以自愿退出，但并非自愿加入。

　　四是财产关系及债务承担责任不同。农民专业合作社对由成员出资、公积金、国家财政直接补助、他人捐赠以及合法取得的其他资产所形成的财产，均享有占有、使用和处分的权利，并以上述财产对债务承担责任;农民专业合作社成员以其账户内记载的出资额和公积金份额为限对农民专业合作社承担责任;农民专业合作社股份可以继承、买卖，农民专业合作社可以分立、合并、解散、破产。而股份经济合作社财产所有权归全体成员，以集体土地等资源性资产所有权以外的集体经营性资产对债务承担责任;成员退出股份不得突破本集体经济组织的范围，在其内部流转;成员股份可以继承、家庭成员共享;股份经济合作社不能破产，原则上不合并、不解散。

　　五是年终分红方式及依据不同。农民专业合作社盈余主要按照成员与农民专业合作社的交易量(额)比例返还，若再有剩余，按盈余分配制度可以再次按出资额、公积金份额进行二次返还。而股份经济合作社年终可分配盈余是按照股份多少进行分配，剩余部分结转下年，与下年盈余共同分配。

　　六是执行的会计制度不同。农民专业合作社执行的是《农民专业合作社会计制度》，股份经济合作社执行的是《村集体经济组织会计制度》。此外，国家已于2017年正式颁布了《农民专业合作社法》，有法可依，而适用股份经济合作社的国家层面的法律法规尚未正式颁布实施。

　　七是民主管理表决权不同。农民专业合作社成员大会或者成员代表大会实行的是一人一票制，出资额或者与本社交易量(额)较大的成员按照章程规定，可以享有附加表决权，附加表决权总票数，不得超过本社成员基本表决权总票数的20%。参加股份经济合作社成员大会或者成员代表大会的成员必须具有民事行为能力，不具备民事行为能力的成员不能参加会议，也没有表决权，且实行一人一票制，没有附加表决票。